Der Unterricht an der Sekundarschule orientiert sich an den Comenius-Grundsätzen

• Selbst sehen
• Selbst sprechen
• Selbst handeln
• Selbst anwenden.

Die Eigene Erfahrung des einzelnen Schülers steht im Mittelpunkt der Lehr- und Lerntätigkeit. Das Selbsthandeln mit Spaß und Freude macht das Einprägen von Lerninhalten erfolgreich. Die Natur dient hierfür als Anschauungsobjekt, an der sich die Schüler universell abarbeiten können. Selbstständigkeit, Selbstverantwortung und Selbstentscheidung bilden den verantwortlichen Schüler und damit Menschen.

Der Schulalltag soll durch einen respektvollen und höflichen Umgang miteinander, Pünktlichkeit, ruhiges und ordentliches Arbeiten und das Vermeiden von Streitigkeiten geprägt sein.

Die Comenius Sekundarschule bietet eine ganze Reihe von Arbeitsgemeinschaften für die Schüler an. Sie können verschiedene Sportangebote wie Tanz, Tischtennis, Hockey oder Badminton wahrnehmen. Im weiteren Angebot finden sich Instrumentalgruppen, die Manga AG, die Theatergruppe, Digitalfotografie, die Schülerzeitung, Physik, Kochen oder die jungen Sanitäter. Bei der Arbeitsgemeinschaft Schüler helfen Schülern stehen sich die Mitschüler bei Problemen zur Seite und können so Verantwortung für ihre Mitmenschen übernehmen.

Das Computerkabinett ist für alle Schüler am Nachmittag geöffnet.

Die Schule stellt sich in den Grundschulen der Stadt vor, um sich den zukünftigen Schülern zu präsentieren. Wenn die zukünftigen Schüler in der Sekundarschule Comenius angemeldet sind, dann besuchen die zukünftigen Klassenlehrer die Kinder in ihren Grundschulklassen, um sich vorzustellen und das Gespräch mit den Klassenlehrern der Grundschulzeit zu suchen. Ein perfekter Übergang in die weiterführende Schule kann durch dieses Konzept gewährleistet werden. Am Tag der offenen Tür sind alle Eltern und Schüler eingeladen sich und die Schule kennen zu lernen.

Zur Berufsvorbereitung finden Klassenberatungen durch einen Berufsberater ab der 8.Klasse statt. Einzelberatungen können einmal im Monat wahrgenommen werden. Durch das Projekt "We start now" ist es den Schülern möglich, Vorstellungsgespräche zu trainieren und schriftliche Bewerbungen zu erstellen. Außerdem können die Schüler wichtige Kontakte zu Unternehmen aufbauen.

In den Jahrgangsstufen 8 und 9 absolvieren die Schüler ein Betriebspraktikum.

Ab der 7. Klasse stehen russisch und französisch als 2. Fremdsprache zur Wahl. Außerdem können die Schüler Schwerpunkte in den Bereichen moderne Medien, angewandte Naturwissenschaften, Kultur und Künste und gesundheitsorientierte Fitness setzen.

Die Schüler erhalten Förderunterricht in den Fächern Deutsch, Mathe und Englisch. In den übrigen Fächern werden individuelle Förderstunden nach Bedarf angeboten.

Die Sekundarschule Comenius ist als einzige Schule des Landkreises Standortschule für das produktive Lernen. Den Schülern wird durch diese Form des Unterrichts die Möglichkeit geboten, abweichend vom traditionellen Schulalltag den Hauptschulabschluss zu erwerben. In der 8. Jahrgangsstufe absolvieren die Schüler eine Orientierungsphase (6 Wochen). Nach der Aufnahme in das Programm des produktiven Lernens werden die Schüler über 2 Jahre in Trimestern unterrichtet. Sie verbringen zwei Tage der Woche in der Schule und drei Tage im Betrieb. Durch den Wechsel der Betriebe nach jedem Trimester durchlaufen die Schüler während ihrer Schullaufbahn sechs unterschiedliche Praktikumsplätze. Die Schüler lernen auf diesem Wege ein breites Spektrum an Tätigkeitsfeldern kennen. Sie verfassen in jedem Trimester einen Lernfortschrittsbericht. Schüler, deren Lernerfolge durch "learning by doing" gesteigert werden können, haben durch das produktive Lernen die Möglichkeit einen Schulabschluss zu erwerben.

Die Schule verfügt über einen Fahrstuhl, ist somit Rollstuhlgerecht ausgebaut.

Die Sekundarschule Comenius Stendal hat die Umgestaltung des altbekannten Tagesablaufs an Schulen vorgenommen. Die Umgestaltung ermöglicht den Schülern eine längere Beschäftigung mit einem Schulstoff, weniger Unterrichts- und Raumwechsel. Der Unterricht und das Schulleben auf den Gängen werden so von Lärm und Hektik befreit.

Das Schulgebäude öffnet um 7:00 Uhr. Die Schüler können sich zum Frühstück versammeln oder sich Vorbereitungen für den Tag widmen. Von 8:00-9:30 Uhr erfolgt der erste Unterrichtsblock. Im Anschluss erfolgt eine 15 min. Pause. Von 9:45-10:30 folgt eine einfache Unterrichtsstunde. In deren Anschluss erhalten die Schüler eine 30 min. Pause. Der 2. Unterrichtsblock erfolgt von 11:00-12:30 Uhr. Die Mittagspause dauert 40 min. und endet um 13:10 Uhr. Hieran wird der 3. Unterrichtsblock angeschlossen. Dieser endet um 14:40 Uhr. Bis zum Schulende um 16:00 Uhr werden Trainingskurse und Arbeitsgemeinschaften angeboten. Jeder Unterrichtsblock wird durch den offenen Fachraum eingeleitet (15 min.), der dem Unterrichtsblock vorausgeht. Der Schultag startet an der Sekundarschule Comenius also um 7:45 Uhr. Die Zeit des offenen Fachraums wird zur Vorbereitung und Übung genutzt. Lehrer und Schüler befinden sich im Raum und es werden Übungsaufgaben angeboten. Die Fachraum- und Blockunterrichtregelung kann von Lehrern und Schülern flexibel gehandhabt werden, um dem individuellen Lerntempo und Interessen Rechnung zu Tragen. Um den Schulalltag noch mehr in die Eigenverantwortung der Lernenden zu legen, wird das Ausschalten der Klingelanlage erwogen. In der Regel erhalten die Schüler durch diese Regelung keine schriftlichen Hausaufgaben.

Um die Umgangsregeln der Schule im Schulalltag einzuhalten, werden in jeder Klasse Schüler ausgewählt, die auf die Einhaltung der Regeln achten.

Jeweils in der letzten Schulwoche wird eine Projektwoche veranstaltet, in deren Verlauf auch das Schulgebäude ausgestaltet wird. Jede Etage wird, entsprechend der angesiedelten Fachräume, dekoriert.

Einmal im Jahr veranstaltet die Schule ein Sportfest. An den letzten zwei Tagen des Schuljahres finden Schulmeisterschaften statt. Die Schüler der Sekundarschule Comenius beteiligen sich am Schulsportwettbewerb "Jugend trainiert für Olympia".

Das Theater der Altmark führt in der Schule Klassenzimmerstücke auf. Die Schüler erhalten eine Einführung in die Nutzung der Stadtbibliothek und besuchen in der Schulkinowoche das Uppstall-Kino.

Die Schüler haben die Möglichkeit in einer Lernwerkstatt des BbS I ihre praktische Arbeit zu verrichten. Sie können den Unterrichtsalltag an einer berufsbildenden Schule kennenlernen und sich in, der beruflichen Praxis naher Arbeit üben. Studenten der Hochschule Magdeburg Stendal hospitieren im Unterricht an der Sekundarschule Comenius. Sie können an der Schule Praxiserfahrung sammeln und leisten Hilfestellungen für lernschwache und verhaltensauffällige Schüler.

Es besteht eine enge Kooperation mit dem Theater der Altmark. Die Schüler besuchen das Winckelmannmuseum und das Uppstall-Kino.